橋本甲狀腺炎的確切病因尚不清楚。但醫學家總結了以下六個原因：
一是自身免疫疾病就是患者本身已經出現了其他自身免疫性疾病，包括類風濕關節炎、一型糖尿病、紅白狼瘡、白癜風等等，一旦身體出現了這些免疫性疾病，那麼出現橋本甲狀腺炎的幾率會大大增加。
二是遺傳橋本甲狀腺炎具有明顯的家族聚集性，表明它與遺傳密切相關。
三是碘攝入過多導通常是由於海鮮吃得太多，以及加碘鹽攝入太多。一旦碘攝入過多，體內的甲狀腺激素產量增加，人體免疫系統就可能認為甲狀腺是一個禍害，從而發起攻擊。資料表明，本病的發病率會隨著碘攝入的增加而顯著增加。
第四：輻射長期暴露在環境輻射過多的人，如安檢人員和醫學院影像科人員，更容易患甲狀腺疾病，包括橋本甲狀腺炎。
第五：感染一旦身體被感染，免疫系統就會攻擊它，所以在這個過程中，免疫系統可能會被過度啟動，從而開始攻擊我們的甲狀腺。第六：缺乏硒硒參與甲狀腺激素的合成、啟動和代謝。硒也是免疫系統的核心成分。硒的缺乏會顯著增加免疫系統誤攻甲狀腺的風險，從而導致橋本甲狀腺炎。